Como em tudo na vida, também entre os monges da congregação de S. Bento se verificavam sensibilidades e conflitos internos.
Fosse por razões pessoas, bairristas ou divisões políticas, as lutas foram constantes desde a fundação da congregação, no séc. XVI.
Durante a dominação filipina, duas fações sobressaem entre os monges, os Martinetes de Tibães e os Nicolaítas de Coimbra.
Os Martinetes estavam mais ligados à causa da independência de Portugal, enquanto os Nicolaítas eram mais ou menos defensores das pretensões de Castela.
